Европейский суд по правам человека встал на сторону «Новой газеты» в споре с бывшим губернатором Омской области Леонидом Полежаевым о защите чести и достоинства. Он присудил журналистам около 2 тысяч евро компенсации. Разбирательства шли в общей сложности 12 лет.
В 2005 году Полежаев подал иск в местные суды против издания и ее собственного корреспондента в Омске Георгия Бородянского из-за статьи «Папа Омский, или колокол в маске».
Суды Омска в 2007 году удовлетворили жалобу бывшего губернатора и присудили ему сначала 150 тысяч рублей компенсации, но затем снизили эту сумму до 50 тысяч рублей. Однако в ЕСПЧ посчитали это нарушением права на свободу самовыражения, которое гарантируется статьей 10 Европейской конвенции о защите прав человека.
За это ЕСПЧ присудил «Новой газете» и Бородянскому 1160 евро (50 тысяч рублей по старому курсу) материального ущерба и 1000 евро — морального ущерба. Эту сумму должны выплатить российские власти.
В 2017 году Европейский суд по правам человека принял сторону «Новой газеты» в деле о нарушении права на свободу самовыражения. Изданию присуждена компенсация в размере 3388 евро, а корреспонденту Елене Милашиной — 2170 евро.
В решении ЕСПЧ указывается, что российские суды исходили из ошибочного предположения, согласно которому «честь и достоинство во всех случаях превосходит право на самовыражение».
В декабре 2005 года Басманный суд Москвы рассмотрел иск экспертов Миноброны РФ в адрес «Новой газеты». Истцы требовали опровергнуть сведения, опубликованные в статье о гибели подлодки «Курск», и порочащие одного из них. Суд встал на их сторону, и обязал издание выплатить 50 тысяч рублей, а корреспондента — семь тысяч.
«Новая газета» утверждала, что заключение экспертов Минобороны позволило офицерам ВМФ уйти от ответственности за ненадлежащим образом проведенную спасательную операцию. Издание также писало, что часть команды пережила взрыв одной из торпед «Курска» и сигналы SOS были слышны еще два дня после затопления субмарины.
