Группа исследователей из Техасского университета в Остине, Уичитского университета и Университета штата Вашингтон в ходе изучения этнических процессов в Мексиканской долине рубежа XIV–XV века, когда зарождалось государство ацтеков, решила привлечь данные генетики и исследовать древную ДНК жителей города-государства Шалкотана.
Известно, что ацтеки не были коренным населением Мексиканской долины, а переселились туда с севера. В 1279 году они оказались на западном берегу озера Тескоко. В тот момент в Мексиканской долине уже обитали несколько народов, образовавших города-государства, центрами которых становились храмовые комплексы. Это были отоми, шочимилька, колуа, тепанеки, аколуа и другие. В долине насчитывалось более пятидесяти городов-государств с населением от пяти до пятидесяти тысяч человек. Одним из значительных городов был Шалкотан – основанная в 1250 году столица отоми.
Ацтекам пришлось бороться за место на этой земле, как дипломатическим, так и военным путем. В 1325 году они основали Теночтитлан. Сначала попадавшие в зависимость то от колауа, то от тепанеков, они постепенно стали серьезной силой. При первом тлатоани (правителе) Акамапичтли они уже завоевали ряд чужих городов. В конце 1390-х году ацтеки в союзе с тепанеками захватили и Шалкотан.
Группы ученых под руководством Хайме Мата-Мигез попыталась при помощи данных генетики выяснить, остался ли состав жителей Шалкотана прежним, или же отоми массово покинули свой город после разгрома, а их место заняли новые жители. Результаты исследования были опубликованы в American Journal of Physical Anthropology. Были изучены образцы митохондриальной ДНК из останков 25 жителей Шалкотана, умерших как до, так и после завоевания. Данные генетического анализа говорят в пользу того, что население города в значительной мере сменилось. Мата-Мигез пуверен, что и другие массовые миграции, вызванные ацтекскими завоеваниями XIV–XV веков, могут быть обнаружены генетиками.